由于生豆浆中含有皂甙、胰蛋白酶抑制物和维生素A抑制物，还有豆腥味等。皂甙对消化道黏膜有很强的刺激性，可引起充血、肿胀和出血性炎症，出现恶心、呕吐、腹泻和腹痛等症状，还可抑制蛋白酶致甲状腺肿等毒副作用；胰蛋白酶抑制身体本身是一种蛋白质，它能选择性地与胰蛋白酶结合，形成稳定的复合物，从而使胰蛋白酶失去活性，致使蛋白质水解为氨基酸的过程中受到抑制，妨碍膳食中蛋白质的消化、吸收和利用，降低豆浆的营养价值；而维生素A抑制物又能氧化并破坏胡萝卜素。
另外，生豆浆中含有丰富的蛋白质、脂肪和糖类，是微生物生长的理想条件。所以，豆浆必须煮熟烧透。煮豆浆时，还必须将上浮的泡沫除净，再以文火维持煮沸5分钟左右，使其有害物质被彻底分解破坏，微生物被杀死。
要想充分利用大豆中的蛋白质，就必须通过充分浸泡、磨细、过滤、加热等处理方式，来消除胰蛋白酶抑制素的不利影响。生豆浆加热到80℃～90℃的时候，会出现大量的白色泡沫，很多人误以为此时豆浆已经煮熟，但实际上这是一种 “假沸”现象，此时的温度不能破坏豆浆中的皂甙物质。正确的煮豆浆方法应该是，在出现 “假沸”现象后继续加热3～5分钟，使泡沫完全消失。
有些人为了保险起见，将豆浆反复煮好几遍，这样虽然去除了豆浆中的有害物质，同时也造成了营养物质流失，因此，煮豆浆要恰到好处，控制好加热时间。
特别提醒：豆浆虽好，不宜过量。一次喝豆浆过多容易引起蛋白质消化不良，出现腹胀、腹泻等不适症状。
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